Już rok po wyborze przeciwko niemu wystąpili metropolici Efezu Paisjusz, Nikomedii Dionizy oraz Filippola Panaret, którzy zarzucili mu łamanie niedawno uchwalonego nowego statutu Kościoła. Joachim II zdołał doprowadzić do zesłania wymienionych hierarchów na Wyspy Książęce do czasu, gdy sprawę miał rozstrzygnąć sąd. W celu rozwiązania konfliktu utworzona została komisja złożona z byłych patriarchów Grzegorza VI, Antyma VI i Cyryla VII, patriarchy jerozolimskiego Cyryla oraz ośmiu metropolitów Patriarchatu Konstantynopolitańskiego. Strony konfliktu nie doszły do porozumienia; ponadto konserwatywnie nastawiony Joachim II faktycznie był wrogiem nowego statutu. Chociaż pozostał na urzędzie, nie cieszył się zaufaniem biskupów Kościoła. Dodatkową przyczyną, dla której był niepopularny, było wymuszanie na biskupach wpłat w zamian za odstąpienie od przeniesienia na inną katedrę. W rezultacie skarg wnoszonych do sułtana przez członków Synodu Joachim w 1863 musiał złożyć urząd i zamieszkać w Erdeku, nie obejmując żadnej katedry.