Problemy narodowościowe w Kościele Na pierwszy okres sprawowania przez Joachima II urzędu przypadło również zaostrzenie konfliktu między prawosławnymi narodowości greckiej i bułgarskiej. Po tureckim podboju Bułgarii autokefalia miejscowego patriarchatu prawosławnego została zlikwidowana, a jego struktury podporządkowano patriarsze Konstantynopola. Praktyką stało się obejmowanie katedr biskupich na ziemiach bułgarskich przez Greków, nieznających miejscowego języka i wrogo odnoszących się do miejscowej tradycji i cerkiewnosłowiańskiego języka liturgicznego. Biskupi greccy forsowali użycie koine w liturgii, w szkołach i urzędach cerkiewnych, jak również niszczyli zabytki piśmiennictwa cerkiewnosłowiańskiego. Dodatkową przyczyną niechęci między greckimi biskupami a bułgarskim duchowieństwem i wiernymi stała się chciwość Greków, eksploatujących wiernych także ekonomicznie. Zdając sobie sprawę z coraz większej wrogości Bułgarów wobec greckich biskupów, w latach 1848 i 1851 patriarcha konstantynopolitański Antym IV zgadzał się wyświęcić pięciu bułgarskich biskupów. Nie zadowalało to jednak Bułgarów, którzy domagali się autokefalii, a przynajmniej gwarancji, że Konstantynopol zgodzi się kierować na ziemie bułgarskie wyłącznie biskupów tej narodowości i nie będzie przeciwstawiał się ich działalności oświatowej i narodowej.