Rosnący w siłę bułgarski ruch cerkiewno-narodowy stawał się coraz bardziej radykalny. Ostatecznie w 1860 jeden z jego przywódców, biskup makariopolski Hilarion, odprawiając Świętą Liturgię, ostentacyjnie pominął imię patriarchy Konstantynopola w tych miejscach, gdzie powinna następować modlitwa za zwierzchnika odpowiedniego autokefalicznego Kościoła. Oznaczało to otwarty rozłam.
Joachim był przeciwny restytucji autokefalii Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego. W 1861 pozbawił urzędów trzech bułgarskich biskupów Patriarchatu Konstantynopola, którzy przewodzili ruchowi cerkiewno-narodowemu: biskupa makariopolskiego Hilariona, weleskiego Auksencjusza oraz płowdiwskiego Paisjusza. W okresie kierowania Patriarchatem przez Joachima doszło również do przejścia przez część bułgarskich wiernych na katolicyzm z prawem do zachowania własnego obrządku. Ruch na rzecz unii miał jednak ograniczoną skalę i wygasł już ok. 1862. Na polecenie Joachima tych duchownych, którzy przeszli na unię, ale postanowili wrócić do Kościoła prawosławnego, przyjmowano bez potrzeby powtarzania święceń, nie uznawano natomiast święceń przyjętych w Kościele katolickim.