W 1995 roku uruchomione zostały studia magisterskie w trybie zaocznymO Instytucie [on-line] [dostęp: 28.01.2020].
Razem z rozwojem instytutu następowały zmiany w jego strukturze organizacyjnej. W 1995 roku powstał Zakład Historii i Kultury Krajów Europy Środkowej i Wschodniej w miejsce Zakładu Historii i Teorii Kultury. W roku 1997 uruchomiono Zakład Dydaktyki i Metodologii Historii. W 2001 roku decyzją Centralnej Komisji do Spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych z dnia 21 stycznia 2001 roku Wydział Filologiczno-Historyczny Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Częstochowie uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk humanistycznych w dziedzinie historia. Ważnym wydarzeniem było wydzielenie z Instytutu w 2002 roku Zakładu Filozofii i przekształcenie jednostki w Instytut Historii. Wprowadzono także do programu studiów historycznych nowe specjalności zawodowe: archiwistyczną i filozoficzno-religioznawczą, wydatnie modyfikując przy tym specjalność nauczycielską.