W 2004 roku w związku z utworzeniem w Akademii im. Jana Długosza Instytutu Nauk Politycznych ze struktury Instytutu Historii wydzielony został Zakład Historii Współczesnej, którego pracownicy zasilili kadrę Instytutu Nauk Politycznych (4 profesorów i 2 doktorów). Trzy lata później Centralna Komisja do Spraw Stopni i Tytułów postanowiła przyznać Wydziałowi Filologiczno-Historycznemu Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie uprawnienie do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk humanistycznych w dyscyplinie historia. W 2012 roku wprowadzono podział instytutu na zakłady, a w 2019 podział instytutu na pracownie.
Kierunki kształcenia Instytut kształci studentów na kierunku historia na studiach pierwszego stopnia trwających 3 lata, które kończą się uzyskaniem tytułu zawodowego licencjata. Po ich ukończeniu absolwenci mogą kontynuować dalsze kształcenie w ramach 2-letnich studiów magisterskich uzupełniających.