Zawarcie rozejmu z Iranem umożliwiło władzom w Bagdadzie przystąpienie do ostatniej fazy operacji Al-Anfal. Pod koniec sierpnia 1988 roku zadecydowano o wysiedleniu wszystkich Kurdów z 30-kilometrowej strefy przy granicach z Turcją i Iranem, stanowiącej twierdzę Demokratycznej Partii Kurdystanu. Według Kurdów w jej wyniku swoje domy musiało opuścić ok. 300 tys. osób. Część wysiedlonych po wywiezieniu ze swoich wsi została zamordowana. Ponad 160 tys. Kurdów zbiegło do Iranu (100 tys.) i Turcji (60 tys.), gdzie zostali umieszczeni w obozach dla uchodźców. Część, w wielu przypadkach nielegalnie, udała się następnie do Pakistanu lub przekroczyła granicę turecko-grecką. Po zakończeniu operacji Al-Anfal w całym Kurdystanie pozostały zaledwie 673 kurdyjskie wsie.
Według Human Rights Watch liczba zniszczonych osad i śmiertelnych ofiar operacji nie może zostać bezdyskusyjnie ustalona z powodu chaosu wywołanego przez ogromne przemieszczenia uciekającej ludności, ściganej przez iracką Gwardię Republikańską. Według różnych źródeł liczba ofiar wyniosła od ok. 50 tys. do 150–200 tys. Kurdów, sami Kurdowie podawali 182 tys. Liczbę zniszczonych wsi Michiel Leezenberg szacował na ok.