Zainteresowania badawcze J. Malickiego obejmują m.in.: oddziaływanie promieniowania jonizującego z obiektami biologicznymi; metody weryfikacji napromieniania z wykorzystaniem dozymetrii in vivo i technik obrazowania; napromienianie całego ciała przed przeszczepieniem szpiku kostnego oraz standaryzację procedur radioterapii w Unii Europejskiej. Zajmuje się także optymalizacją opieki zdrowotnej. Ostatnio jego działalność badawcza koncentrowała się na wdrożeniu międzynarodowych audytów klinicznych w radioterapii onkologicznej oraz na wpływie predyspozycji osobniczych na odpowiedź na promieniowanie jonizujące.
Opublikował wiele artykułów w czasopismach międzynarodowych, w tym w czołowych czasopismach z zakresu radioterapii i fizyki medycznej (Radiotherapy and Oncology, Radiology and Oncology, Physica Medica; Reports of Practical Oncology and Radiotherapy).
Kariera zawodowa W latach 1985–1990 pracował jako fizyk medyczny w Instytucie Onkologii w Gliwicach. W 1990 został kierownikiem Zakładu Fizyki Medycznej Wielkopolskiego Centrum Onkologii. W 1995 został dyrektorem Wielkopolskiego Centrum Onkologii.