W 1806 roku szkołę zamknięto decyzją władz oświatowych, konkurowała bowiem z zakładanymi szkołami świeckimi. Uczyniono tak, mimo że cieszyła się wielką popularnością i słynęła z wysokiego poziomu nauczania z prawem dostępu do Akademii Wileńskiej po uzyskaniu dyplomu ukończenia. Protesty uczniów i rodziców oraz starania samych karmelitów doprowadziły do odwołania decyzji. W roku 1811 szkołę otworzono oficjalnie ponownie, nazywając ją powiatową. Dyrektorem został ojciec Jan Tomasz Romański. W tym roku przyjęto do niej 157 uczniów – obok katolików, także trzech Żydów, pięciu unitów i pięciu prawosławnych. W klasztorze mieszkało 11 uczniów, płacących od 30 dukatów rocznie. Wszyscy inni mieszkali albo w swoich domach lub na stancjach u mieszkańców Berdyczowa i najbliższych miejscowości.