W 1780 roku było w Berdyczowie 6 klas, 7 ojców profesorów i 156 uczniów.
Po rozbiorach Polski, w roku 1796, ojciec Andrzej Bardecki postanowił oficjalnie usankcjonować działalność i założył w Berdyczowie na podstawie prawa rosyjskiego szkołę średnią podwydziałową. Karmelici uzyskali licencję na prowadzenie szkoły od Akademii Wileńskiej, która miała nad nią sprawować nadzór pedagogiczny.
Edukacja była bezpłatna, przeznaczona dla młodzieży męskiej niezależnie od wyznania. Uczniowie, którzy mieszkali w klasztorze, płacili za utrzymanie. Biedniejsi z nich byli finansowani przez zakonników. W 1798 roku w klasztorze mieszkało 32 uczniów (w tym 14 za darmo), do szkoły dochodziło zaś z domów i stancji 125 uczniów. Szkoła mieściła się w osobnym budynku przy klasztorze, początkowo drewnianym, a od 1830 roku murowanym. Zatrudniała także nauczycieli świeckich.
Według raportu inspektorów państwowych z 20 kwietnia 1800 roku, w szkole nauczano nauki chrześcijańskiej, nauki moralnej, języków łacińskiego, polskiego, rosyjskiego, niemieckiego i francuskiego oraz geografii, historii, retoryki, poezji, arytmetyki, geometrii, trygonometrii, algebry i fizyki.