Mimo to, Zjednoczony Sojusz Iracki stale posługiwał się jego wizerunkami i deklarował wierność wobec głoszonych przez as-Sistaniego idei. As-Sistani i jego otoczenie z powodzeniem rywalizowało o wpływy wśród szyitów z Muktadą as-Sadrem i jego armią Mahdiego. W sierpniu 2004, gdy bojownicy armii Mahdiego wszczęli w An-Nadżafie walki uliczne przeciwko Amerykanom, ich sojusznikom oraz armii irackiej, a następnie zostali zdziesiątkowani i schronili się w meczecie Alego w An-Nadżafie, as-Sistani wezwał ich do poddania się. Jego apel został podjęty przez tysiące mieszkańców miasta, którzy wymusili na ocalałej setce bojowników opuszczenie meczetu i złożenie broni.
As-Sistani cieszy się również szacunkiem niektórych przywódców sunnickich i kurdyjskich, w tym urzędującego w latach 2005-2014 prezydenta Dżalala Talabaniego. W 2006 i 2007 wzywał szyitów do niereagowania przemocą na ataki terrorystyczne na meczet Al-Askari w Samarzrze, jedno ze świętych miejsc szyizmu. Wezwał jedynie do siedmiodniowych pokojowych manifestacji żałobnych i do tego, by wierni sami dbali o bezpieczeństwo świątyń. W odpowiedzi na zamach doszło do ataków przeciwko meczetom sunnickim w Bagdadzie, jednak wystąpienie as-Sistaniego powstrzymało masową agresję szyitów przeciwko sunnitom.