W kolejnych wyborach, które miały miejsce w Jordanii dopiero w 1984, Bracia Muzułmańscy zdobyli dwa mandaty. Jeszcze większy sukces odnieśli w wyborach w 1989. Uzyskali wówczas 20 mandatów, a czternastu kolejnych kandydatów było sympatykami głoszonej przez nich ideologii. Zarówno przedstawiciele Braci, jak i trzech islamistycznych deputowanych nie należących do organizacji weszli do nowego rządu Mudara Badrana. Braciom powierzono teki edukacji oraz zdrowia. Postawa fundamentalistycznych ministrów doprowadziła jednak do utraty poparcia przez organizację. Niektóre podejmowane przez nich kroki, jak wprowadzona przez ministra edukacji możliwość niewysyłania dziewcząt na szkolne zajęcia sportowe, społeczeństwo odebrało jako przesadnie dogmatyczne. Rząd Badrana upadł po sześciu miesiącach urzędowania. Mimo utraty części popularności na początku lat 90. XX wieku Bracia Muzułmańscy byli niewątpliwie najpopularniejszą organizacją społeczno-polityczną w Jordanii;