Joseph Booth wyruszył w podróż poprzez Anglię do nowo powołanego protektoratu Brytyjska Afryka Centralna (późniejsza nazwa Niasa), gdzie w 1892 roku zapoczątkował baptystyczną Misję Protestancką Zambezi () w pobliżu Blantyre. Pierwszą osobą, którą nawrócił, był jego późniejszy przyjaciel John Chilembwe, którego ochrzcił w rzece. Działalność Josepha Bootha wśród Afrykanów wzbudziła podejrzenia osadników, misjonarzy i rządu kolonialnego. Nie współpracował z innymi misjonarzami, a w roku 1896 zerwali z nim również zwolennicy Zambesi Industrial Mission.
Z Johnem Chilembwe wyjechał do Stanów Zjednoczonych, gdzie przebywał w latach 1897–1899. Wtedy też ich drogi się rozeszły. W 1897 roku Joseph Booth opublikował swoją książkę „Afryka dla Afrykanów” (tego zwrotu użył jako pierwszy). Potem dołączył do baptystów dnia siódmego i wrócił do Malawi, gdzie poznał i ochrzcił Elliota Kamwanę. W 1899 roku Booth z grupą Afrykanów zwrócił się do królowej Wiktorii o wprowadzenie powszechnej edukacji i umożliwienie uczestnictwa w życiu politycznym dla wszystkich mieszkańców Afryki. Te działania spowodowały, że rząd kolonialny zmusił go do opuszczenia protektoratu około 1902 roku.