New York Mets thumb|180px|José Reyes podczas gry w Miami Marlins. thumb|180px|José Reyes jako zawodnik Toronto Blue Jays. thumb|180px|José Reyes jako zawodnik Colorado Rockies. 2003–2005 10 czerwca 2003 zadebiutował w Major League Baseball w meczu przeciwko Texas Rangers, w którym zaliczył dwa uderzenia, w tym double'a. Pięć dni później w spotkaniu z Anaheim Angels zdobył pierwszego home runa (grand slama) w MLB. 28 sierpnia 2003 w meczu z Atlanta Braves został najmłodszym zawodnikiem w historii MLB, który zdobył dwa home runy, jednego lewą, drugiego prawą ręką. W debiutanckim sezonie zagrał w 69 meczach, uzyskując średnią 0,307, a w głosowaniu do nagrody NL Rookie of the Year Award zajął 8. miejsce. 13 marca 2004 podczas meczu spring training doznał kontuzji kolana, a do gry powrócił 19 czerwca 2004. W 2005 skradł najwięcej baz (60) w National League i zaliczył najwięcej triple'ów (17) w MLB.