Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają pięć podgatunków.
Etymologia Napaeozapus: napaios „z zalesionej doliny”, od ναπη napē „dolina”; rodzaj Zapus (skoczomyszka). insignis: „nadzwyczajny, niezwykły, godny uwagi”, od in „w stronę, w kierunku”; signum „znak”. abietorum: łac. abietum „z jodły, jodłowy”, od abies, abietis „jodła”. frutectanus: łac. frutectanus „mieszkaniec krzewów lub krzaków”, od frutex, fruticis „krzew, krzak”. roanensis: góra Roan, Karolina Północna, Stany Zjednoczone. saguenayensis: Saguenay, Quebec, Kanada.
Morfologia mały|lewo|Skoczomysz w zbliżeniu Długość ciała (bez ogona) 89–98 mm, długość ogona 115–160 mm (ok. 60% całkowitej długości), długość tylnej stopy 28–34 mm; masa ciała 17–26 g. Samice są nieco większe od samców;