Atmosfera Atmosfera Pandory jest dla człowieka zabójcza. Głównym składnikiem jej atmosfery jest dwutlenek węgla, który w stężeniu 18% powoduje śmierć człowieka w przeciągu 4 minut. Innym trującym dla człowieka gazem występującym w atmosferze Pandory jest siarkowodór. Poza tym w atmosferze Pandory znajduje się ksenon (5,5%), azot, tlen, amoniak i metan.
Geologia Pandora od strony geologicznej jest dość podobna do Ziemi – ma płynne, żelaziste jądro, plastyczny płaszcz i półsztywną skorupę. Ma również, podobnie jak Ziemia, dwa wewnętrzne źródła ciepła. Jedno z nich czerpie energię z rozpadu radioaktywnych izotopów, drugie – z grawitacyjnego zapadania się pierwotnej formacji. Dodatkowym i o wiele potężniejszym źródłem energii są pływy, powodowane przez sąsiednie księżyce, które oddziałują z Polifemem. Czynniki te powodują, że dryft kontynentalny przebiega tu o wiele szybciej niż na Ziemi, a płyty tektoniczne pękają częściej z powodu zwiększonego nacisku i napięcia. Wyjaśnia to także brak dużych kontynentów na Pandorze, a także intensywne zjawiska wulkaniczne i aktywność geotermiczną – wiele gór i innych form geologicznych to świeże twory wulkaniczne.