Stosunek lądów do oceanów na Pandorze jest dużo większy niż na Ziemi, lecz ląd jest podzielony na dużą liczbę małych kontynentów, co znacznie wydłuża linię brzegową, oraz zmniejsza obszar terenów śródlądowych. Jednocześnie fakt, że te ostatnie leżą tak blisko oceanów, łagodzi różnice temperatur. Na Pandorze istnieją lodowce porównywalne z ziemskimi, ale ponieważ w rejonach polarnych nie ma dużych mas lądowych, pandoriańskie lodowce unoszą się swobodnie na powierzchni oceanu. Księżyc posiada wiele kraterów, które znajdują się zarówno na lądach, jak i na dnie oceanów. Geologia Pandory sprawia, że krajobraz księżyca urozmaicają liczne gorące źródła i gejzery, a wiele rzek bierze swój początek z podziemnych gorących źródeł.
Pole magnetyczne Pandora ma płynne żelazowe jądro charakteryzujące się prądami wirowymi, które wytwarza dwubiegunowe pole magnetyczne, podobne w strukturze do ziemskiego. Obecność złóż unobtanium głęboko pod powierzchnią gruntu zwiększa natężenie pola setki razy. Dzięki temu osłania Pandorę przed promieniowaniem kosmicznym i materią wyrzucaną z Alfa Centauri A. Jednak, w odróżnieniu od ziemskiego, tutejsze pole magnetyczne nie jest jednorodne, a koncentracja złóż unobtanium powoduje lokalne zaburzenia z których wydobywa się szkodliwe promieniowanie.