Okres rozkwitu przerwał wybuch następnej wojny podczas której zaginęło około 80% koni z Janowskiej Stadniny. Początkowo ewakuowano około 200 koni na Wołyń. Po 17 września konie przewieziono do Janowa, przy czym wiele koni podczas tego transportu zaginęło. Armia Czerwona 25 września zajęła stadninę, podpaliła zabudowania a ocalałe z ewakuacji konie zrabowała i wywiozła w głąb ZSRR. Między nimi klacz Mammona i ogier Ofir. Konie te stanowiły odtąd fundament (ponad 60 procent stanu matek) stadniny koni arabskich w Tiersku koło Piatigorska (Kraj Stawropolski). Na przełomie września i października w 1939 nieliczne pozostałe janowskie araby zostały rozgrabione przez okolicznych mieszkańców, za przyzwoleniem sowieckiego okupanta.
Po zajęciu stadniny przez wojska niemieckie pojawił się w niej Gustav Rau – komisarz do spraw hodowli koni i stadnin w Generalnym Gubernatorstwie. Doprowadził on do tego, że niektóre konie z takimi sławami hodowlanymi jak ogiery Witraż czy Wielki Szlem wróciły do stadniny. Jednak ok. 80% janowskich arabów przepadło na zawsze. Ponadto sprowadził do Janowa najlepsze konie czystej krwi. Już w 1940 w janowskiej stadninie odbyła się parada koni i przegląd hodowlany. Hans Fellgiebel, komendant stadniny, zabiegał by koniom i obsługującym je masztalerzom działo się nieźle, jak na wojenne warunki.