W stadninie prowadzono badania naukowe pod kierownictwem Bernharda Grzimka między innymi na temat instynktu powrotu konia do stajni.
W lipcu 1944 stado liczące około 300 sztuk koni czystej krwi arabskiej zostało ewakuowane do Niemiec, gdzie poniosło straty podczas bombardowania Drezna. Do Saksonii dostarczono również konie z innych polskich stadnin: Białka, Bogusławice, Dębice, Kozienice. Konie powróciły do kraju w listopadzie 1946 drogą morską. Przez wiele tygodni dwa statki przewożące konie kursowały między Lubeką a Gdynią. Do Janowa Podlaskiego 80 klaczy i źrebaków powróciło 1 listopada 1950, a ogiery rozproszone po innych stadninach znalazły się w Janowie dopiero w 1960. Z Niemiec nie wrócił do kraju sławny ogier Witeź II, którego – jako zdobycz wojenną – wysłał do USA amerykański generał George Patton.
Rozkwit stadniny nastąpił pod koniec lat 50. XX w., kiedy dyrektorem został człowiek związany ze stadniną od grudnia 1939, Andrzej Krzyształowicz. Jemu przypadła rola opiekowania się końmi wywożonymi przez Niemców, on też doprowadził do zorganizowania jesienią 1969 pierwszej aukcji koni arabskich. Od tamtej pory udało się sprzedać za granicę blisko 1000 arabów, przysparzając krajowi wielu dewiz.