Wysokie Himalaje pokrywają północną część Bhutanu, gdzie szczyty osiągają wysokości przekraczające 7000 m n.p.m. Najwyższe pasmo ciągnie się przez dystrykty Ha, Paro i Thimphu. Częściowo obejmuje też dystrykty Gasa, Wangdü Pʽodrang, Bumtʽang oraz Lhünce. Najwyższym szczytem Bhutanu jest Gangkhar Puensum o wysokości 7570 m n.p.m. Szczyt ten jest również uznawany za najwyższą niezdobytą przez człowieka górę. Kilka wysokich szczytów, w tym Gangkhar Puensum, Kulha-kʽangri oraz Tongsganjiabu, leży na obszarze spornym pomiędzy Bhutanem a Chinami. Większość spośród pozostałych szczytów o wysokości przekraczającej 7000 m n.p.m. leży w dystrykcie Gasa.
W Wielkich Himalajach znajduje się większość spośród lodowców górskich Bhutanu. W regionie tym znajduje się w sumie 677 lodowców górskich i 2674 jezior polodowcowych. Dochodzi tam do częstych powodzi glacjalnych.
Himalaje Małe i Siwalik
Himalaje Małe pokrywają środkową część Bhutanu i składają się z wielu mniejszych pasm. Góry Dongkya położone są na trójstyku granic Bhutanu, Chin (Tybetu) oraz Indii (stanu Sikkim).