Władze RP na obczyźnie 30 września 1939 Władysław Raczkiewicz objął urząd Prezydenta RP, stając się tym samym Wielkim Mistrzem Orderu. Spośród członków Kapituły Józef Haller znalazł się na emigracji we Francji, a August Hlond we Włoszech, natomiast Wojciech Trąmpczyński pozostał w okupowanym kraju. W tej sytuacji niemożliwa była działalność Kapituły i na emigracji nie została ona powołana. Aczkolwiek kolejni prezydenci otrzymując z urzędu Order Orła Białego, stawali się jego Wielkimi Mistrzami. 9 czerwca 1947 August Zaleski 9 kwietnia 1972 Stanisław Ostrowski 8 kwietnia 1979 Edward Raczyński 8 kwietnia 1986 Kazimierz Sabbat 19 lipca 1989 Ryszard Kaczorowski

Polska Ludowa Komunistyczne władze PKWN sprawujące rządy z ramienia ZSRR uznały Order Orła Białego jako najwyższe polskie wyróżnienie dekretem z 22 grudnia 1944, likwidując jednocześnie instytucje kapituł orderówDekret Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego z dnia 22 grudnia 1944 r. o orderach, odznaczeniach oraz medalach ()., jednak nie kontynuowały jego nadawania (choć w pewnym momencie rozważano przyznanie Orderu Orła Białego przywódcy ZSRR Józefowi Stalinowi). Formalnie order został zlikwidowany na mocy nowej ustawy odznaczeniowej sejmu PRL z 17 lutego 1960, która w art.