dlatego też wymusił na niej obietnicę, że nie wyjdzie za mąż bez jego zgody, a zwłaszcza za któregoś z angielskich możnowładców spokrewnionych z rodziną królewską – Henryk obawiał się, że taki związek mógłby pozbawić korony jego potencjalnych męskich potomków - Tomasz Howard jako wuj zniesławionej królowej był więc najgorszym możliwym narzeczonym dla Małgorzaty. Dlatego też król osadził oboje w Tower. 18 lipca 1536 ustawą Parlamentu przegłosowano akt orzekający konfiskatę majątku i skazujący Tomasza Howarda na dożywotnie więzienie za próbę "obalenia naturalnego porządku dziedziczenia Korony", oraz Akt o Wykluczeniu - dokument zabraniający małżeństw członkom rodziny królewskiej bez zgody panującego monarchy. Tomasz zmarł w więzieniu 31 października 1537 roku. Na wieść o śmierci narzeczonego Małgorzata ciężko podupadła na zdrowiu (medycy podejrzewali u niej tak zwaną "czarną melancholię"), a według nieprzychylnych jej osób na dworze "miała cierpieć z powodu wydania na świat martwego potomka"David Starkley: Królowe. Sześć żon Henryka VIII str. 737-738.
Małgorzata wciąż była bardzo chora, więc król zezwolił jej na przeniesienie się z Tower do opactwa Syon, w którym mianował ją świecką administratorką z uprawnieniami opatki.