W 1986 roku, podczas pobytu w więzieniu, Kühnen dokonał swojego coming outu, czyli ujawnił publicznie, że jest homoseksualistą. W odpowiedzi na krytykę wynikłą wewnątrz ruchu neonazistowskiego po ujawnieniu swojej orientacji seksualnej, twierdził, że fakt, iż nie założył rodziny spowodował, że miał więcej czasu by poświęcić się ideologii. Zwrócił przy tym uwagę, że Ernst Röhm był również jednocześnie homoseksualistą, jak i nazistą. Kühnen mimo swoich argumentów stracił dużo poparcia ze strony negatywnie ustosunkowanej do homoseksualizmu, neonazistowskiej sceny politycznej. Rozłam w FAP-ie pomiędzy Kühnenem a jego niedawnym sojusznikiem Friedhelmem Busse doprowadził do objęcia przewagi skrzydła antyhomoseksualnego, która przejęła skuteczną kontrolę nad partią od 1989 roku. Michael Kühnen został zwolniony z więzienia w marcu 1988 roku i niemal od razu założył nowe ugrupowanie o nazwie Nationale Sammlung. Gdy organizacja ta została zlikwidowana w następnym roku, Michael Kühnen zainicjował politykę polegającą na zakładaniu różnych organizacji w celu zmylenia władz. Spośród tak powstałych ugrupowań, najbardziej znana była założona w 1989 Niemiecka Alternatywa, czyli Deutsche Alternative (w skrócie DA)Nie mylić z powstałą w 2013 Alternatywą dla Niemiec, która jest również prawicowa, jednak nie odwołuje się do spuścizny III Rzeszy.