Mniej więcej w tym czasie Kühnen został zarażony wirusem zespołu nabytego braku odporności, czyli HIV.
Lata dziewięćdziesiąte Kontynuując swoją taktykę bezpośrednich działań, ósmego kwietnia 1991 roku, Kühnen poprowadził grupę skinheadów z ruchu na rzecz białej supremacji do Frankfurtu nad Odrą, by zaprotestować przeciwko otwarciu wschodniej granicy Niemiec z Polską. Mimo obecności policji, demonstranci Kühnena rzucali kamieniami i innymi przedmiotami w samochody przekraczające granicę. Polski incydent graniczny był ostatnim działaniem publicznym polityka. Kühnen zmarł 25 kwietnia 1991 roku na powikłania związane z zespołem nabytego niedoboru odporności, czyli AIDS. Jego ciało zostało skremowane przy Kasseler Westfriedhof na zachodnim cmentarzu miasta Kassel. Jego śmierć miała dwojaki wpływ na niemiecki ruch neonazistowski. Z jednej strony oznaczała ona utratę jego najbardziej dynamicznego lidera. Z drugiej strony śmierć Kühnena spowodowała pominięcie nawarstwionych wcześniej podziałów. Michael Kühnen został zastąpiony przez Christiana Worcha, jego najbliższego sprzymierzeńca, którego nominował jako swojego następcę w kierownictwie.