W 1649 brat Elżbiety, Karol Ludwik Wittelsbach, odzyskał godność elektora rzeszy wraz z częścią Palatynatu. Elżbieta zamieszkała wraz z nim w Heidelbergu. W 1657 Karol Ludwik rozwiódł się ze swoją żoną Charlottą Hessen-Kassel, która powróciła do swojego rodzinnego Kassel. Elżbieta opowiedziała się po stronie bratowej i przeprowadziła się tam razem z nią.
W 1660 Elżbieta wstąpiła do luterańskiego klasztoru w Herford (mimo że dotychczas była kalwinistką). W 1667 została jego opatką. Była dobrą administratorką, a z klasztoru uczyniła znany ośrodek myśli kartezjańskiej. Odwiedził ją tam m.in. Gottfried Wilhelm Leibniz. Elżbieta była też otwarta na inne odłamy protestantyzmu, takie jak labadyści czy kwakrzy.
Zmarła w klasztorze, 8 lutego 1680. W Herford jest upamiętniona ulicą i szkołą jej imienia oraz rzeźbą autorstwa Wolfganga Knorra (2004).
Korespondencja Korespondencja między Elżbietą i Kartezjuszem rozpoczęła się z jej inicjatywy w 1643 i trwała aż do śmierci Kartezjusza (ostatni list jest datowany na 1649). Wymiana listów następowała z różnym natężeniem. W listach Kartezjusz zachowuje wobec księżniczki postawę pełną szacunku, przyjmując jednak rolę jej nauczyciela czy przewodnika po filozofii.