świątynia była pokryta z zewnątrz freskami, które z czasem uległy zniszczeniu pod wpływem warunków atmosferycznych. W 1593 rosyjski podróżnik opisał, że w sąsiedztwie świątyni znajdowała się również kamienna dzwonnica. Od przeniesienia stolicy do Jass w 1565 do 1695 cerkiew św. Mikołaja była soborem metropolitalnym metropolii mołdawskiej. Wyjątek stanowił okres panowania Bazylego Lupu, który przeniósł siedzibę metropolitów do ufundowanego przez siebie monasteru Trzech Świętych Hierarchów w Jassach. Po 1695 soborem metropolitalnym była tzw. Biała Cerkiew, położona na miejscu obecnego soboru św. Paraskiewy, Spotkania Pańskiego i św. Jerzego.
Odbudowę cerkwi podjął w latach 70. XVII w. hospodar Antoni Ruset. Odnowiono wówczas dzwonnicę i rozebrano ścianę, która dzieliła przednawie i nawę cerkiewną. Zamiast niej zbudowano dwie kolumny, tworząc trzy arkady. W 1677 wykonano również nowe freski w świątyni. Antoni Ruset przywiózł również z Polski dwa świeczniki i srebrne naczynia dla cerkwi. Pragnął również zostać pochowany w cerkwi, jednak życzenie to nie spełniło się – władca zmarł w Konstantynopolu. Hospodar zbudował również w sąsiedztwie cerkwi domy, w których mieli zamieszkać mnisi – w jedynym zachowanym z nich żył metropolita Mołdawii Dosyteusz. Prace renowacyjne ukończył kolejny hospodar Jerzy III Duca w 1680.