Po wyodrębnieniu ze struktur KBW pion został w kolejnych latach powiązany z Milicją Obywatelską, ponadto podjął on ścisłą współpracę z Departamentem III MSW realizującym wtedy m.in. zadania z zakresu operacyjnej ochrony gospodarki. W kwietniu 1971 r. jednostki terenowe inspektoratu włączono w skład komend wojewódzkich Milicji Obywatelskiej (jako inspektoraty ochrony przemysłu KW MO), a nadzór nad nimi objęli zastępcy komendantów ds. Służby Milicji.
Ujednolicenie kwestii związanych z zabezpieczeniem mienia nastąpiło po wejściu w życie ustawy z 31 stycznia 1961 r. W myśl jej przepisów kontrolę nad Strażą Przemysłową (w resorcie żeglugi działającą jako Straż Portowa, a w resorcie finansów jako Straż Bankowa) sprawował szef MSW koordynujący również działalność resortowych inspektoratów powoływanych do bezpośredniego nadzoru nad formacjami ochronnymi. Aktem wykonawczym do ustawy była uchwała nr 328 Rady Ministrów z 29 października 1962 r.