Z pierwszego małżeństwa z Teresą Karoliną Walewską (1778–1846), córką Michała Walewskiego, miał córkę Zofię (1803–1871), zamężną za Wiktorem hr. Ossolińskim (1790–1860), synów Jana Karola (1804–1855) i Mieczysława Michała (1807–1851). Pierwsza żona zdradzała go, miała romans z księciem Aleksandrem Golicynem i po rozwodzie z Chodkiewiczem wyszła za niego. Z drugiego małżeństwa z Franciszką Ksawerą Szczeniowską (1806–1855) miał syna Bolesława (1826–1867).
Współdziałał w organizacji Gimnazjum Wołyńskiego w Krzemieńcu, przeznaczył na nie 300 rubli srebrnych rocznie i zrobił zapis na katedrę chemii (40 tysięcy złotych). Należał do licznych towarzystw naukowych: Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk (1804), Komisji Edukacyjnej litewskiej (1807), w 1818 na wniosek Alexandra Scherera został wybrany członkiem korespondentem Akademii Nauk w Petersburgu (1818). thumb|Metryka zgonu Aleksandra Chodkiewicza Był członkiem honorowym Uniwersytetu Wileńskiego (1819), towarzystw rolniczego (Société d′agriculture) i galwanicznego (Société galvanique de Paris) w Paryżu, towarzystw mineralogicznych w Jenie i Petersburgu, farmaceutycznych w Wilnie i Petersburgu. Należał do lóż masońskich „Świątynia Izis” w Warszawie, „Szkoła Sokratesa” w Wilnie, „Doskonała Tajemnica” w Dubnie i „Cnota Uwieńczona” w Rafałówce.