W 1985 roku do nazwy „Jagiellonka” dodano człon „MZKS” (Międzyzakładowy Klub Sportowy). W latach 90. XX w. nazwę „MZKS” zastąpiono członem „NKS” (Nieszawski Klub Sportowy).
Historia rozgrywek ligowych 1977-1978 A-klasa – VI poziom rozgrywkowy 1982-1983 Liga Okręgowa Konińsko-Włocławska – V poziom rozgrywkowy 1983-1986 A-klasa – VI poziom rozgrywkowy 1986- Liga Okręgowa Toruńsko-Włocławska – V poziom rozgrywkowy -1993 Liga Międzyokręgowa (woj. włocławskie, konińskie, płockie, skierniewickie) – IV poziom rozgrywkowy
Od sezonu 1993/1994 Jagiellonka Nieszawa występowała w III lidze (grupa łódzka). W latach 1993–1996 zajmowała miejsca w środku tabeli. Przełomowym sezonem w historii klubu okazał się sezon 1996/1997. Jagiellonka Nieszawa z dorobkiem 66 pkt zwyciężyła wówczas rozgrywki w III lidze i uzyskała awans do II ligi.
Debiut zespołu z Nieszawy w II lidze w sezonie 1997/1998 nie należał do udanych. Nieszawski klub ze względu na problemy finansowe był zmuszony przenieść rozgrywki drugoligowe do Włocławka (do klubu Włocłavia Włocławek, z którym ogłoszono fuzję). We Włocławku właśnie Jagiellonka rozgrywała domowe mecze. W przerwie zimowej ze względu na pogłębiające się kłopoty finansowe klub opuściło większość z zawodników.