W związku z tym Jagiellonka ostatecznie wycofała się z rozgrywek, odłączając się od klubu z Włocławka, jednocześnie przekazując mu miejsce w lidze. Wobec tego w rundzie rewanżowej rozgrywki w II lidze kontynuowała Włocłavia Włocławek, która ostatecznie zajęła w lidze ostatnie miejsce z bilansem 5 punktów po 34 kolejkach (1 zwycięstwo, 2 remisy, 34 porażki).
W kolejnym sezonie 1998/1999 Jagiellonka Nieszawa ze względu na wycofanie się z rozgrywek drugoligowych została zdegradowana o dwa poziomy rozgrywkowe do IV ligi (makroregion Włocławek-Płock-Konin-Skierniewice). W pierwszych dwóch sezonach w IV lidze (1998/1999 oraz 1999/2000) Jagiellonka dwukrotnie zajmowała pierwsze miejsce w tabeli, rezygnując ostatecznie z występów w wyższej klasie rozgrywkowej. W 2000 r. po reorganizacji rozgrywek (nowy podział administracyjny kraju) klub z Nieszawy trafił do IV ligi grupy kujawsko-pomorskiej. W następnych dwóch sezonach Jagiellonka zajmowała odpowiednio trzecie oraz drugie miejsce. W sezonie 2002/2003 Jagiellonka Nieszawa ponownie wygrywa rozgrywki w IV lidze. Ze względu na kolejne kłopoty finansowe drużyna odmówiła promocji do III ligi, jednocześnie wycofując się z rozgrywek IV ligi. W ciągu 5-letniej historii w IV lidze Jagiellonka Nieszawa stała się dominatorem tych rozgrywek.