Na 166 rozegranych meczów bilans klubu z Nieszawy wyglądał następująco: 106 zwycięstw, 39 remisów oraz 21 porażek.
W kolejnym sezonie ponownie w swojej historii Jagiellonka została zdegradowana o dwa poziomy rozgrywkowe. Klub trafił do klasy A (grupa Włocławek). Na tym szczeblu rozgrywek Jagiellonka rozgrywała dwa kolejne sezony (2003/2004 oraz 2004/2005) zajmując dwukrotnie drugie miejsce w końcowej tabeli, awansując ostatecznie do klasy okręgowej (V liga). W klasie okręgowej (grupa kujawsko-pomorska II) Jagiellonka Nieszawa występowała przez następne pięć sezonów. Po zakończeniu sezonu 2009/2010 w lipcu 2010 drużyna seniorska została wycofana z rozgrywek klasy okręgowej z powodu trudnej sytuacji finansowej klubu.
Po roku nieobecności w występach ligowych Jagiellonka ponownie zgłosiła drużynę do rozgrywek, tym razem do najniższej klasy B. Po dwóch rozegranych sezonach w tej klasie w 2013 klub ostatecznie został rozwiązany.