New York Yankees W grudniu 2014 podpisał kontrakt jako wolny agent z New York Yankees. Przed rozpoczęciem sezonu 2015 menadżer Yankees Joe Girardi ogłosił, iż Miller i Dellin Betances będą pełnili funkcję closerów. 8 kwietnia 2015 w meczu przeciwko Toronto Blue Jays Miller zaliczył pierwszy save dla Yankees i drugi w swojej karierze. Sezon zakończył z 36 save'ami i otrzymał nagrodę AL Reliever of the Year. W lipcu 2016 został po raz pierwszy powołany do Meczu Gwiazd.
Cleveland Indians 31 lipca 2016 w ramach wymiany zawodników przeszedł od Cleveland Indians. W American League Championship Series wystąpił w czterech meczach, w których rozegrał 7⅔ zmiany, wyrównując rekord w postseason wśród relieverów zaliczając 14 strikeoutów. Ponadto zaliczył save, nie oddał żadnego runa i został wybrany najbardziej wartościowym zawodnikiem serii. Indians pokonali Toronto Blue Jays 4–1 i zdobyli pierwsze mistrzostwo American League od 1997 roku.
Nagrody i wyróżnienia Nagroda/wyróżnienieLataŹródło2× All-Star 2016, 2017 Zwycięzca w World Series 2013 AL Reliever of the Year 2015 ALCS MVP 2016