Oczekującym na dziedzińcu Ukraińcom rozkazano ustawić się w rzędach. Gdy wykonali polecenie, enkawudziści odsłonili ustawione naprzeciw więźniów karabiny maszynowe, po czym otworzyli ogień oraz zaczęli ciskać granaty w tłum. Do ofiar strzelano również z okien więziennego gmachu. Rannych dobijano. Gdy egzekucja na „ukraińskim” dziedzińcu była już zakończona, oprawcy w analogiczny sposób przystąpili do mordowania polskich więźniów. Do tych ostatnich strzelano z murów i wież strażniczych oraz z górnych pięter gmachu. Masakra trwała mniej więcej godzinę. Po jej zakończeniu oprawcy wezwali ocalałych więźniów, aby powstali i powrócili do cel. Przy wejściu do gmachu zatrzymywano i zabijano każdego ocalałego, który był ranny lub chociażby pokryty krwią zabitych towarzyszy. Na „polskim” dziedzińcu ocalało kilkudziesięciu więźniów; świadkowie szacowali ich liczbę na 50–60, 80–90 lub nawet 120 osób. Zdecydowanie mniej więźniów przeżyło masakrę na dziedzińcu „ukraińskim”. Tam na wezwanie enkawudzistów wstać miało zaledwie 11 osób, z czego jedną ranną od razu dobito.