Antonim Pustelnikiem (Kaplica Giustinian „della Salute”) thumb|Madonna bizantyńska
Wnętrze zostało zaprojektowane na planie krzyża łacińskiego z pojedynczą nawą i bez naw bocznych. Nawa została przedłużona tworząc kształt litery T, symbol zbawienia i doskonałości. Harmonijne wnętrze pozostaje w zgodzie z surowością zasad franciszkanów. Jest rezultatem badań neo-platońskich proporcji dokonanych przez Francesco Zorziego (i zawartych w dziele De harmonia mundi totius z 1525 roku) i związanej z tym jego późniejszej korekty planów Sansovina. Proporcje zostały dostosowane tak, aby odpowiadać świętej geometrii liczby trzy, odzwierciedlającej Trójcę Świętą. Po obu stronach nawy znajduje się po pięć kaplic. W zakrystii (z lewej strony nawy) znajduje się ołtarz Sansovina i kilka innych, niewielkich obrazów.
Prezbiterium Prezbiterium zostało zbudowane a planie kwadratu. Jest flankowane dwiema kaplicami bocznymi. Ołtarz główny oddziela chór zakonny od części dostępnej dla widoku wiernych.