Ołtarz główny Ołtarz został prezbiterium został zbudowany w drugiej połowie XVI wieku z polichromowanego drewna sosnowego i topolowego, przypuszczalnie według projektu Girolama Campagni. Stół ołtarzowy wykonano z płyty kamiennej. Po obu jej stronach stoją cztery drewniane kolumny oraz posągi św. Franciszka i św. Antoniego. W centrum znajduje się krzyż, który zastąpił usunięty obraz. W 1649 roku Baldassare Longhena dokonał rekonstrukcji ołtarza, umieszczając na szczycie ośmiu kolumn korynckich gzyms w stylu barokowym. W drugiej połowie XIX wieku dodano wielkie tabernakulum, przeniesione z wyburzonego kościoła Santa Lucia, jak również posągi Świętego Franciszka Świętego Antoniego. Tabernakulum zostało usunięte w 1939 roku w związku z przywróceniem ołtarzowi wyglądu bardziej odpowiadającego surowym zasadom duchowości franciszkańskiej. Na lewym filarze umieszczono epigraf informujący o położeniu pierwszego kamienia pod budowę kościoła (5 sierpnia 1534), natomiast na prawym – epigraf informujący o konsekracji kościoła po zakończeniu jego budowy.