W kwietniu 1789 został mianowany oberkwatermistrzem i szefem Sztabu Generalnego, a jednocześnie awansował na stopień generał-majora. Objął jednak urząd w bardzo trudnym okresie: formalnie głównodowodzącym Kolegium Wojskowego był podówczas książę Grigorij Potiomkin, jednak w praktyce walczyli z nim o wpływy wysoko postawieni dworzanie: Nikołaj Sałtykow (od 1773 wiceprezes Kolegium, a od 1788 – pełniący obowiązki prezesa), a także generał Płaton Zubow, faworyt carycy Katarzyny II. Wskutek intryg i walk o wpływy rola Sztabu Generalnego znacznie zmalała: Pistorowi nie przydzielono dość oficerów, a ci pod jego komendą często byli odsyłani do innych zadań bez poinformowania ich zwierzchnika. Pistor ponawiał apele o naprawę tego stanu rzeczy, jednak nigdy nie doczekał się pomocy ze strony dworu. Ostatecznie w początkach 1796 złożył dymisję, którą przyjęto w listopadzie tego samego roku, wraz z formalną likwidacją Sztabu Generalnego.
Po rezygnacji generał-major Pistor powrócił do rodzinnego Kassel, gdzie mieszkał do śmierci.