W 1942, jako wykazującego duże zdolności językowe, skierowano go na Wyspy Salomona, gdzie przez kolejny rok mieszkał w jednej z wiosek, ucząc się miejscowego języka, zbierając informacje dla wojska oraz studiując tamtejszą kulturę.
W 1945 został telegrafistą w bazie lotniczej na wyspie Morotai, gdzie wskutek bliskiego wybuchu japońskiej bomby uległ kontuzji i zaczął tracić wzrok.
W lecie 1946 znów pojechał do Francji, gdzie studiował kompozycję, ale porzucił studia. Przebywając w opactwie w Solesmes (gdzie studiował chorał gregoriański), został gorliwym katolikiem. Wiosną 1947 zupełnie utracił wzrok.
Wróciwszy do USA zamieszkał na farmie rodziców i zajął się hodowlą zwierząt, aby wykazać, że niewidomi mogą pracować i utrzymywać się samodzielnie. Doświadczenia z tego okresu zawarł w książce Handbook for Darkness, przeznaczonej dla osób widzących i omawiającej relacje z niewidomymi. Książkę wydano w 1949. Również w 1949 Griffin napisał (w ciągu 7 tygodni) sześćsetstronicową powieść. W 1957 niespodziewanie zaczął odzyskiwać wzrok.