Niemieccy żołnierze, którzy po zajęciu Brzeżan obejrzeli miejsce masakry, twierdzili, że niektóre ofiary zostały zakatowane na śmierć. Ukraińscy świadkowie także utrzymywali, że zwłoki więźniów nosiły ślady okrutnych tortur.
Enkawudziści podejmowali próby zatarcia śladów zbrodni. Wspomniany świadek relacjonował, że początkowo ciała zamordowanych wywożono poza więzienie i grzebano w uprzednio wykopanych dołach. Po 29 czerwca zwłoki były natomiast wrzucane z mostu do rzeki Złota Lipa (potwierdzają to niemieckie raporty). Z kolei Filippow informował w swym raporcie, że większość zwłok pogrzebano na terenie zamku w Brzeżanach („w starej twierdzy”). Kolejnych 40 ciał miano wywieźć samochodami z więzienia, lecz na skutek niemieckiego nalotu zostały one wraz z pojazdami porzucone przy drodze. Filippow twierdził, że naczelnik więzienia wraz ze swoimi ludźmi podjął później próbę pogrzebania pozostawionych zwłok, lecz z powodu kolejnego nalotu zdążył jedynie zrzucić je z samochodów. Według Zbigniewa Rusińskiego na terenie więzienia odnaleziono ciała 150 ofiar, a w grobach nieopodal zamku – około 70 zwłok. Według źródeł niemieckich kilkanaście okaleczonych zwłok odnaleziono także w piwnicy jednego z domów w mieście.