W 1993 roku w Toruniu działało 13 326 podmiotów gospodarczych. Do 2019 roku liczba ta wzrosła do 26 455. Największy bezwzględny przyrost liczby podmiotów odnotowano wśród zakładów osób fizycznych i spółek z ograniczoną odpowiedzialnością. Największy bezwzględny przyrost liczby zakładów osób fizycznych odnotowano w opiece zdrowotnej i pomocy społecznej, budownictwie, działalności finansowej i ubezpieczeniowej. Odnotowano również wzrost liczby organizacji społecznych, komunalnych jednostek organizacyjnych i związków zawodowych.
W Toruniu działa założone w 2000 roku stowarzyszenie Welconomy Forum in Toruń, odpowiadające m.in. za: promocję procesu integracji europejskiej oraz współczesnych trendów cywilizacyjnych, wspieranie procesów dialogu i pojednania, promowanie przedsiębiorczości, walkę z bezrobociem, wspieraniu sukcesów polskich przedsiębiorstw na świecie.
Finanse miasta 31 grudnia 2019 roku dochody miasta wyniosły ogółem 1 289 073 080 zł, wydatki ogółem 1 423 073 080 zł (wydatki majątkowe 297 869 670 zł). Deficyt budżetowy wyniósł 134 000 000 zł.