nazwa Vastato, używana w odniesieniu do kościoła Santa Marta, przeniesiona została na kościół San Francesco w formie „Guastato”. Kościół został zbudowany na planie bazyliki. Kamień pamiątkowy, wmurowany w posadzkę nawy głównej informuje, iż przypuszczalnym dekoratorem wnętrza był Pietro di Gandria. Kościół stylem nawiązywał do świątyń franciszkańskich w Umbrii i Toskanii, składających się z trzech naw przeciętych transeptem oraz kaplic apsydialnych zbudowanych na planie kwadratu. Z kolei idea kaplic usytuowanych wzdłuż naw bocznych była nawiązaniem do architektury Filippa Brunelleschiego. Nawy boczne od głównej oddzielał rząd delikatnych kolumn z białego i czarnego kamienia. Oświetlenie wnętrza zapewniały okna (monoforia) umieszczone w kaplicach bocznych, natomiast transept oświetlały wielkie triforia umieszczone w górnej części jego ścian bocznych. Wejście do kościoła znajdowało się w prawej ścianie, naprzeciwko hospicjum Santa Marta i oratorium San Tommaso. Wystroju wnętrza nigdy nie ukończono.