Przejęcie kościoła przez Franciszkanów Obserwantów i zmiana jego dedykacji W roku 1537 Bracia Konwentualni powrócili do swego klasztoru San Francesco di Castelletto, a ich klasztor del Gustato przypadł Franciszkanom Obserwantom, którzy z powodu robót budowlanych przy nowych murach miejskich musieli opuścić swój dotychczasowy klasztor Santissima Annunziata di Portoria; przenieśli oni jego nazwę na nowy kościół, który od tego momentu zaczął być nazywany Santissima Annunziata del Vastato. Sobór trydencki stał się pośrednią przyczyną przebudowy kościoła, którą podjęto w 1582 roku w trakcie wizytacji apostolskiej biskupa Novary, Francesca Bossiego, dokonanej z polecenia papieża Grzegorza XIII w celu sprawdzenia, czy diecezja Genui uiściła opłaty ustalone przez sobór. Należało w związku z tym sprawdzić stan niedokończonej świątyni Santissima Annunziata i zalecić ukończenie jej w krótkim czasie, przynajmniej w części zasadniczej. 20 sierpnia 1591 roku bracia Obserwanci zwrócili się do zamożnej rodziny Lomellini z prośbą o patronat i nadzór nad ukończeniem budowy ich kościoła. Pracami budowlanymi pokierował Taddeo Carlone;