53–54. ..
Monaster był wielokrotnie niszczony podczas napadów Litwinów, Polaków i inflanckiej gałęzi zakonu krzyżackiego. Z czasem jego prestiż znacznie spadł. W 1764, podczas sekularyzacji majątków cerkiewnych, klasztor nie został zamknięty, ale również nie przyznano mu państwowego utrzymania. W 1766 sprowadzono do niego mnichów ze zlikwidowanego monasteru Przemienienia Pańskiego w Wielkich Pustyniach. Dla jego upamiętnienia w soborze monasterskim urządzono trzeci ołtarz pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego, a klasztor Eleazara Pskowskiego stał się ośrodkiem kultu ikony Chrystusa Zbawiciela dotąd czczonej w Wielkich Pustyniach. W 1804 do monasteru skierowano również ostatnich mnichów likwidowanego Monasteru Snietogórskiego, zaś w 1813 monaster Eleazara zaliczono w poczet klasztorów II klasy z odpowiadającym jej państwowym uposażeniem. lewo|mały|Monaster pod koniec XIX wieku W 1906 dokonano zmian w regule wewnętrznej monasteru, wprowadzając ścisły cenobityzm, w klasztorze pojawili się mnisi-starcy. Wzorem dla klasztoru stała się Pustelnia Glińska, z której do wspólnoty przybyło kilku doświadczonych mnichów. Przed 1917 w monasterze przebywało 18 mnichów i 15 posłuszników. Po rewolucji październikowej, w 1918, cała wspólnota klasztoru została z niego wywieziona i zamordowana.