W wyniku podziału zasobu archiwalnego byłego Biura „C” MSW, które do 1990 pełniło rolę archiwum dla Komendy Głównej Milicji Obywatelskiej, w GAP ukształtował się zespół archiwalny zamknięty byłej KG MO (obejmujący akta z lat 1944–1990), w skład którego weszły także akta wytworzone i zgromadzone przez część komórek organizacyjnych byłego Ministerstwa Spraw Wewnętrznych PRL, których zadania przejęła Komenda Główna Policji (m.in. Biuro „C” MSW, Departament Techniki MSW, Zarząd Łączności MSW czy Zarząd Administracyjno-Gospodarczy MSW). Przejęcie przez GAP zadań archiwum zakładowego wobec Komendy Głównej Policji zapoczątkowało kształtowanie się zespołu archiwalnego otwartego w stosunku do komórek organizacyjnych KGP. Od 2010 GAP pełni rolę archiwum zakładowego dla Centralnego Laboratorium Kryminalistycznego Policji, a od 2014 dla Centralnego Biura Śledczego Policji. GAP nie stanowi odrębnej komórki organizacyjnej Komendy Głównej Policji, lecz wchodzi w skład „pionu” ochrony informacji niejawnych KGP (w początkowym okresie – „pionu” prezydialnego KGP).