Po krótkim czasie, maszyny o numerach 205 i 206 przeniesiono do Villa Mercedes. 7 września 1939 roku utracono samolot numer 215. Maszyna rozbiła się podchodząc do lądowania w przygodnym terenie. Załoga wyszła z katastrofy bez szwanku. W 1940 roku jeden z samolotów został wykorzystany do sprawdzenia możliwości wykonywania z maszyny skoków spadochronowych. Było to tym bardziej uzasadnione, iż z chwilą znalezienia się na uzbrojeniu argentyńskiego lotnictwa zdecydowanie bardziej nowoczesnych samolotów bombowych Martin B-10 i Northrop A-17, Ae.M.B.2 przestały być potrzebne jako bombowce. Obszerny kadłub samolotu można było wykorzystać do pełnienia zadań transportowych, kurierskich, pocztowych i desantowania skoczków spadochronowych.
18 kwietnia 1940 roku maszyny z Regimiento Aéreo 1 z bazy w El Palomar zostały przeniesione do bazy w Villa Mercedes. Docelowo znalazły się tam wszystkie Ae.M.B.2 z wyjątkiem dwóch egzemplarzy 204 i 214, które pozostały w bazie w Mendozie. Pod koniec tego samego roku wszystkie pozostające na służbie samoloty dołączyły do maszyn 204 i 214 w Mendozie. W 1941 roku wypadkowi uległ egzemplarz numer 204 i już nie został odremontowany. W 1942 roku dokonano kolejnej reorganizacji. Samoloty 202, 203, 205, 206, 208 i 214 przeniesiono do Grupo 1 de Observación z 1.