W 1958 został wykładowcą, potem dziekanem Gornoałtajskiego Instytutu Pedagogicznego, w 1967 zastępcą, następnie I zastępcą ministra oświaty Estońskiej SRR, a w 1979 przewodniczącym prezydium Estońskiego Towarzystwa Przyjaźni i Kontaktów Kulturowych z Zagranicą, w 1989 przeszedł na emeryturę.
W 1995 władze niepodległej Estonii wszczęły przeciw niemu postępowanie w sprawie oskarżenia o udział w ludobójstwie narodu estońskiego (chodziło o udział w stalinowskich deportacjach). W 2003 Estońska Policja Bezpieczeństwa prowadziła dochodzenie w sprawie udziału Arnolda Meri w deportacjach Estończyków z wyspy Hiuma w 1949. W sierpniu 2007 estońska Prokuratura Okręgowa Zachodniego Obwodu formalnie oskarżyła Arnolda Meri o ludobójstwo, pod zarzutem zorganizowania deportacji 251 estońskich cywilów z wyspy Hiuma na Syberię, w region Nowosybirska. Meri zaprzeczył wysuwanym przeciwko sobie oskarżeniom.
W 2007 został przewodniczącym Antyfaszystowskiego Komitetu Estonii. W tym samym roku tak określił swój udział w II wojnie światowej po stronie ZSRR: Udział Estonii w II wojnie światowej był nieunikniony i tylko głupiec mógł wierzyć inaczej.(...) Każdy Estończyk miał tylko jedną decyzję do podjęcia: po której stronie stanąć w tej krwawej walce – nazistów czy koalicji antyhitlerowskiej.