I wojna światowa i okres międzywojenny thumb|200px|Kościół Chrystusa Króla Podczas I wojny światowej i krótko po 1920 roku nastąpił znaczny odpływ ludności niemieckiej z Torunia. Ludność niemiecka stała się kilkuprocentową mniejszością. Jednocześnie do Torunia przybyła ludność ewangelicka ze Śląska Cieszyńskiego i Polski Centralnej. Grupa staroluteranów oraz ewangelicy wyznania augsburskiego modlili się w kaplicy przy ul. Strumykowej. Odłam kalwiński miał kościół przy ul. Wały (ob. Wały gen. Sikorskiego). Po 1920 roku w Toruniu pojawili się wyznawcy prawosławia. W większości byli to emigranci z Rosji i Ukrainy. W 1920 roku powołano prawosławną parafię św. Mikołaja, rok później Wojskowa Parafia Prawosławna. Parafie scalono w 1924 roku. Nabożeństwa prawosławne odbywały się m.in: w kaplicy ewangelickiej przy ul. Strumykowej, w kaplicy garnizonowej za dworcem kolejowym Toruń Miasto. W 1939 roku parafia otrzymała świątynię przy ul. Podgórskiej.
W 1920 w Toruniu istniały trzy parafie Ewangelickiego Kościoła Unijnego: staromiejską, nowomiejską i św. Jerzego. W 1921 założono parafię Ewangelicko-Augsburską dla ludności polskiej.