Po 1920 kościół garnizonowy św. Katarzyny przeszedł pod zarząd Kościoła katolickiego. W tym samym kościele odbywały się nabożeństwo greckokatolickie dla emigrantów z Ukrainy. W okresie międzywojennym oddano do użytku kościół Chrystusa Króla i klasztor oo. redemptorystów na Bielanach. Po przyłączeniu Podgórza do Torunia w 1938 roku, miasto powiększyło się o parafię św. Apostołów Piotra i Pawła (istniejącą od końca XVI wieku).
Czasy najnowsze Kościół katolicki 29 listopada 1950 roku na Bielanach erygowano parafię św. Józefa. Była to pierwsza parafia w Polsce prowadzona przez redemptorystów. Kilka lat później parafia rozpoczęła budowę własnej świątyni. Kościół św. Józefa konsekrowano 14 czerwca 1963 roku. W 1951 roku Toruń powiększył się o Wrzosy i Barbarkę, gdzie od 25 marca 1937 roku istniała parafia św. Antoniego. Parafia w latach 1988–1998 wybudowała swój kościół. 1 kwietnia 1976 roku ustanowiono dwie parafię. Pierwszą z nich jest parafia Matki Bożej Zwycięskiej. Do niej przynależy kościół poświęcony w 1907. Do 1945 roku jego patronem był św. Jerzy i należał do gminy ewangelickiej. Drugą jest parafia św. Michała Archanioła i bł. ks. Bronisława Markiewicza. Do parafii przynależy kościół poświęcony 30 maja 1987 roku. 23 kwietnia 1990 roku erygowano parafię Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny Kowalskiej.