Następnie został przydzielony do sztabu Głównego Inspektora SS w Protektoracie Czech i Moraw. We wrześniu 1943 przeniesiono go do Głównego Urzędu Policji Porządkowej SS (SS-Hauptamt Ordnungspolizei). 29 stycznia 1944 dołączył do sztabu wyższego dowódcy SS i Policji w Kraju Warty w okupowanej przez Niemców Polsce. Ponosi odpowiedzialność za liczne zbrodnie popełnione na Polakach i innych narodach zamieszkujących Kraj Warty, całkowicie wyjętych spod prawa przez III Rzeszę.
Powstanie warszawskie i ostatni rok wojny Po wybuchu powstania warszawskiego Reinefarth otrzymał rozkaz sformowania zgrupowania bojowego – złożonego z 16 kompanii policji (rekrutowanych głównie w Kraju Warty) i innych pododdziałów – a następnie przybycia do Warszawy. Jego oddziały zostały włączone do Grupy Korpuśnej von dem Bacha (Korpsgruppe von dem Bach), dowodzonej przez gen. Ericha von dem Bacha-Zelewskiego, który na rozkaz Himmlera miał stłumić powstanie. thumb|Powstanie warszawskie. Heinz Reinefarth na polowym stanowisku dowodzenia obok autobusu sztabowego ustawionego przy skrzyżowaniu ulic: Wolskiej i Syreny thumb|SS-Gruppenführer Heinz Reinefarth (pierwszy od lewej) w czapce „kubance” oraz żołnierze 3 Pułku Kozaków płk. Jakuba Bondarenki – okolice ul. Wolskiej w Warszawie