Od 5 sierpnia 1944 oddziały Reinefartha brały udział w walkach na Woli. W ciągu kilku dni wymordowały w masowych egzekucjach ok. 50 tysięcy cywilnych mieszkańców Warszawy. W jednym z raportów do dowództwa Reinefarth donosił, że nie ma już amunicji do dalszych rozstrzeliwań.
Po brutalnej pacyfikacji Woli jego oddziały brały następnie udział w ciężkich walkach z powstańcami na Starym Mieście. We wrześniu 1944 zostały przeniesione do walki z powstańcami na Powiślu i Czerniakowie. Dokładna liczba ofiar dowodzonych przez Reinefartha jednostek nie jest znana. Oprócz mordowania cywilów zajmowały się one bowiem także likwidacją jeńców wojennych oraz rannych w powstańczych szpitalach. W sumie liczba ofiar tych zbrodni może wynosić nawet 100 tysięcy. Za swój udział w tłumieniu powstania Reinefarth otrzymał 30 września 1944 Liście Dębowe do swojego Krzyża Rycerskiego.