W grudniu 1944 został dowódcą XVIII Korpusu Armijnego SS, który początkowo walczył z Armią Czerwoną w rejonie środkowej Odry, a następnie bronił twierdzy Kostrzyn (niem. Küstrin). Po wyczerpaniu zapasów amunicji Reinefarth odmówił jednak pod koniec oblężenia Festung Küstrin walki do ostatniego żołnierza i przedarł się wraz 600-osobowym oddziałem w stronę Berlina. Za niewykonanie rozkazu Hitlera został nawet skazany przez niemiecki trybunał wojskowy na karę śmierci. Wyrok nie został jednak nigdy wykonany, a Reinefarth dalej dowodził swoimi jednostkami, które przemianowano na XIV Korpus Armijny SS.
Lata powojenne Po zakończeniu wojny władze polskie zażądały od Brytyjczyków i Amerykanów ekstradycji zbrodniarza, jednak zachodni alianci uznali, że może on być przydatny jako świadek w procesach norymberskich i odmówili spełnienia żądania. Następnie był aresztowany przez pewien czas pod zarzutem zbrodni wojennych, ale sąd w Hamburgu zwolnił go z powodu braku dowodów.