Sama korzystała z tajnych wykładów Uniwersytetu Stefana Batorego. Zaczął on działać w styczniu 1940. Wykłady mieli tam, m.in., prof. Edward Passendorfer, prof. Mieczysław Limanowski, prof. Stanisław Małkowski (geolog), doc. Bronisław Halicki, dr J. Wojciechowski i inni.
Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Wilna 13 lipca 1944 nasiliły się represje wobec Polaków. Rodzina Janiny postanowiła wyjechać z Wilna transportem, którym ewakuowała się grupa polskich profesorów z Uniwersytetu Stefana Batorego wraz z rodzinami. Grupa ta postanowiła zorganizować w Toruniu uniwersytet, który został nazwany imieniem Mikołaja Kopernika. 21 września 1945 opuszczono Wilno. Po czterech dniach podróży w wagonach towarowych, 25 września 1945 grupa dotarła do Torunia.
Po osiedleniu się w Toruniu, 1 października 1945, Janina Pacowska została zatrudniona jako asystentka w Zakładzie Geologii, którym kierował prof. Passendorfer, pełniący równocześnie funkcję dziekana Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego UMK. Jednocześnie Janina ukończyła studia w zakresie geografii i 8 czerwca 1948 otrzymała dyplom magistra filozofii w dziedzinie geografii, na podstawie pracy Studium porównawcze delty Wisły i Dunaju. W październiku 1948 objęła posadę nauczyciela geografii w szkole ogólnokształcącej typu licealnego im. Mikołaja Kopernika w Toruniu.